马耳他国家水族馆有 52 个水族箱，包括爬行动物、昆虫和两栖动物，以及地中海鱼类，包括马耳他水域中常见的鱼类，以及马耳他群岛周围海域中可以找到的历史文物。 水族馆内的主水箱直径为 12 米，设有一条步行隧道，让游客可以更近距离地观察鱼类。这里栖息着多种印度太平洋动物，包括黑鳍鲨、斑马鲨、鳐鱼和其他外来物种。 水族馆采用标志性的弧形贝壳结构，类似于海星的贝壳。邻近的海滨长廊为行人提供额外的休闲设施，其中包括儿童游乐区。