圣塞巴斯蒂安诺地下墓穴所在的地方在古代是一处深洼地，被用作火山灰采石场，被称为 ad catacumbas（或“洞穴附近”），这个名字已经成为地下墓地的代名词。

自公元一世纪以来，该遗址就被密集地开发和建设：地下画廊被重新用于设置墓穴，然而在地面上，人们修建了几处骨灰安置所，并建立了至少两个住宅系统（所谓的小别墅和大别墅），配备了引人注目的图画墙装饰。

大约在公元二世纪中叶，谷底被掩埋，形成了一个斜坡，斜坡的一侧连续修建了三座陵墓（由克洛狄乌斯·赫尔墨斯、伊诺森提乌斯和阿克斯修建）。

对该区域进行了进一步的埋葬，以便为建造“门廊”提供空间，“门廊”是一种门廊，边缘是一堵墙，上面有许多针对党卫军的涂鸦。彼得和保罗大约公元 250 年在此地一起受到崇拜。

当时，皇帝君士坦丁（306-337）在该地点修建了一座罗马竞技场形状的大教堂（称为“circiforme”）。

与此同时，早在公元三世纪，埋葬殉道者塞巴斯蒂安和尤蒂基奥的地下墓穴就开始在地下发展。